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有濟(jì)說(shuō) | 小核酸藥物的“精準(zhǔn)解碼”——AOC、長(zhǎng)鏈脂肪酸修飾與雙靶點(diǎn)小核酸的LC-MS/MS分析策略




引言:從“裸奔”到“精準(zhǔn)投遞”


小核酸藥物正迎來(lái)新一輪技術(shù)爆發(fā)。從傳統(tǒng)的反義寡核苷酸(ASO)和小干擾RNA(siRNA),到長(zhǎng)鏈脂肪酸修飾、雙靶點(diǎn)siRNA,再到抗體-核酸偶聯(lián)藥物(AOC),新型結(jié)構(gòu)層出不窮,對(duì)生物分析提出了前所未有的挑戰(zhàn)。如何精準(zhǔn)、穩(wěn)定地完成這些創(chuàng)新藥物的體內(nèi)外定量分析?LC-MS/MS法又該如何差異化應(yīng)對(duì)?


本文將系統(tǒng)介紹AOC、長(zhǎng)鏈脂肪酸修飾核酸和雙靶點(diǎn)核酸三類新型小核酸藥物LC-MS/MS分析的關(guān)鍵關(guān)注點(diǎn),并結(jié)合真實(shí)PK研究案例,為小核酸藥物的研發(fā)提供實(shí)用的分析策略參考。




1

AOC (Antibody-Oligonucleotide Conjugates):肝外組織的“精準(zhǔn)導(dǎo)航儀”


1.1 核心機(jī)制


抗體-核酸偶聯(lián)藥物(Antibody-Oligonucleotide Conjugate, AOC)由單克隆抗體與小核酸藥物(siRNA或ASO)通過(guò)連接子偶聯(lián)而成。抗體部分負(fù)責(zé)識(shí)別特定細(xì)胞表面受體(如轉(zhuǎn)鐵蛋白受體TfR1、整合素等),實(shí)現(xiàn)主動(dòng)靶向。與傳統(tǒng)的ADC(抗體-藥物偶聯(lián)物)不同,AOC的效應(yīng)載荷不是化學(xué)毒素,而是核酸,通過(guò)沉默致病基因表達(dá)發(fā)揮療效,在罕見(jiàn)病、神經(jīng)退行性疾病等領(lǐng)域具有獨(dú)特優(yōu)勢(shì)。核心機(jī)制如圖1所示。


圖片1.png

圖1.AOC藥物作用機(jī)制


1.2 LC-MS/MS生物分析要點(diǎn)


AOC在體內(nèi)的存在形式包括裸抗、結(jié)合型抗體、偶聯(lián)結(jié)合型小核酸和游離小核酸,需針對(duì)不同檢測(cè)目標(biāo)針對(duì)性的選擇和設(shè)計(jì)適合的檢測(cè)方法[1]。本文主要匯總了以LC-MS/MS作為分析手段的分析策略:


抗體的檢測(cè):


由于抗體的分子量很大,無(wú)法實(shí)現(xiàn)直接檢測(cè)完整的抗體分子,需選擇特征肽段進(jìn)行檢測(cè)。特征肽段的選擇需要考慮:1)特異性好、無(wú)干擾或可有效分離;2)靈敏度滿足檢測(cè)需求。此外,體內(nèi)可能存在抗獨(dú)特型抗體,可能干擾抗體的定量檢測(cè),方法開(kāi)發(fā)時(shí)需評(píng)估其潛在影響。


偶聯(lián)小核酸(AOC)的檢測(cè):


通常采用免疫捕獲后酶解等方法檢測(cè)小核酸藥物的濃度,需要針對(duì)性的對(duì)選擇捕獲的條件、孵育裂解條件進(jìn)行優(yōu)化,包括捕獲試劑的濃度,孵育反應(yīng)的溫度,反應(yīng)時(shí)間,以及吸附的影響等,關(guān)注回收率。


圖片2.png

圖2. 免疫捕獲酶解圖解


游離小核酸的檢測(cè):


通常體內(nèi)游離小核酸的濃度是非常低的,需要關(guān)注檢測(cè)方法的靈敏度、與結(jié)合型藥物的有效分離,同時(shí)需要關(guān)注樣品的穩(wěn)定性,避免反復(fù)凍融以及操作過(guò)程導(dǎo)致小核酸藥物的脫落。


1.3 AOC的藥代動(dòng)力學(xué)研究


由于AOC在體內(nèi)會(huì)存在多種形態(tài),PK研究需要分析多種分析物,才能全面描繪其體內(nèi)命運(yùn):

  • 完整的AOC:反映藥物的整體暴露水平。

  • 總抗體:評(píng)估抗體部分的總量,包括偶聯(lián)和未偶聯(lián)的抗體。

  • 游離的小核酸載荷:衡量從AOC上釋放的小核酸,與藥效和毒性直接相關(guān)。

  • 小核酸的代謝物(如有):鑒定小核酸的降解產(chǎn)物。


SD大鼠靜脈注射給藥不同AOC后,采用LC-MS/MS的方法分別檢測(cè)總抗體、結(jié)合型siRNA和游離siRNA的濃度,表征AOC在體內(nèi)的PK特征(定量下限2 ng/mL,游離siRNA的檢測(cè)均為BQL)。


圖片3.png

圖3. SD大鼠靜脈注射AOC后血清中總抗及結(jié)合型siRNA比較(左為正常圖、右為半對(duì)數(shù)圖)


2

長(zhǎng)鏈脂肪酸修飾小核酸:疏水驅(qū)動(dòng)的組織蓄積與內(nèi)體逃逸瓶頸


如果說(shuō)AOC是靠抗體精準(zhǔn)識(shí)別靶標(biāo),實(shí)現(xiàn)“點(diǎn)對(duì)點(diǎn)導(dǎo)航”,那么長(zhǎng)鏈脂肪酸修飾,則走了一條截然不同的“搭便車”路線——它不依賴特定受體,而是利用疏水性緊緊“抱住”血漿中的白蛋白,借助這條天然運(yùn)輸線,實(shí)現(xiàn)長(zhǎng)效循環(huán)與廣泛組織分布。


長(zhǎng)鏈脂肪酸修飾是解決小核酸藥物體內(nèi)穩(wěn)定性差、組織分布受限,有效延長(zhǎng)小核酸藥物血漿半衰期的關(guān)鍵化學(xué)修飾策略之一。常見(jiàn)的長(zhǎng)鏈脂肪酸修飾包括棕櫚酸、硬脂酸、二十二烷酸、DHA、月桂酸等。


圖片4.png

圖4. 長(zhǎng)鏈脂肪酸修飾小核酸藥物圖例


2.1 核心機(jī)制


長(zhǎng)鏈脂肪酸修飾賦予小核酸強(qiáng)疏水性,使其能高親和力地結(jié)合血漿中的白蛋白(Albumin)或脂蛋白,形成大分子復(fù)合物,降低腎臟清除率,顯著延長(zhǎng)血漿半衰期。白蛋白-藥物復(fù)合物可通過(guò)白蛋白受體或脂肪酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白(FATP)介導(dǎo)的內(nèi)吞作用進(jìn)入細(xì)胞,提高藥物在表達(dá)這些受體的組織(如內(nèi)皮細(xì)胞、肌肉細(xì)胞、腫瘤細(xì)胞)中的分布。高疏水性使得藥物在皮下注射部位形成局部沉積,緩慢釋放入血,實(shí)現(xiàn)長(zhǎng)效緩釋。


2.2 LC-MS/MS生物分析要點(diǎn)


在生物分析中需要綜合考慮小核酸部分的多價(jià)態(tài)分布、強(qiáng)親水性、金屬離子加合等特點(diǎn),同時(shí)需要考慮長(zhǎng)脂肪鏈?zhǔn)杷奶匦詫?duì)色譜保留及提取效率的影響[2],選擇合適的色譜柱、流動(dòng)相與洗脫梯度、提取、分離條件等,減少單針檢測(cè)的時(shí)間,提高分析效率。


圖片5.png

圖5. 常規(guī)條件下未修飾核酸(a)、常規(guī)條件下長(zhǎng)脂肪酸修飾核酸(b)及優(yōu)化后長(zhǎng)脂肪酸修飾核酸圖譜(c)


2.3 長(zhǎng)鏈脂肪酸修飾小核酸的PK研究


長(zhǎng)鏈脂肪酸的引入提高了小核酸藥物的組織靶向性和藥物的穩(wěn)定性,延長(zhǎng)小核酸在血漿中的循環(huán)時(shí)間,降低腎臟清除率,延長(zhǎng)半衰期。


小鼠皮下注射給藥長(zhǎng)鏈脂肪酸修飾小核酸后檢測(cè)體內(nèi)血漿和組織樣品。血漿中藥物的濃度隨著給藥劑量的增加而逐步增加,多次給藥后無(wú)明顯蓄積。皮下注射給藥后藥物在各組織中廣泛分布。


圖片6.png

圖6.小鼠皮下注射長(zhǎng)鏈脂肪酸修飾小核酸后血漿和組織中藥物濃度


3

雙靶點(diǎn)核酸藥物:協(xié)同效應(yīng)的PK挑戰(zhàn)


雙靶點(diǎn)小核酸是通過(guò)單一分子同時(shí)沉默兩個(gè)不同靶基因的創(chuàng)新型小核酸藥物。其設(shè)計(jì)思路是針對(duì)復(fù)雜疾病的多基因協(xié)同治療需求,通過(guò)巧妙的分子架構(gòu)(如GalNAc雙小核酸偶聯(lián)物平臺(tái))將兩條siRNA整合于同一分子中,實(shí)現(xiàn)“一次給藥、雙通路聯(lián)動(dòng)”。


3.1 核心機(jī)制


雙靶點(diǎn)核酸藥物突破了單一靶點(diǎn)遞送的局限性,具有獨(dú)特的優(yōu)勢(shì):

1)治療效力的深度與廣度:“1+1 > 2”的協(xié)同效應(yīng)。

2)遞送效率與藥代動(dòng)力學(xué)的統(tǒng)一:采用一個(gè)分子結(jié)構(gòu),保證了針對(duì)兩個(gè)靶點(diǎn)的siRNA具有相同的組織分布、細(xì)胞攝取和體內(nèi)清除速率。

3)改善藥物安全性,降低脫靶毒性風(fēng)險(xiǎn):在相同療效的前提下,雙靶點(diǎn)藥物可以使用比兩種單藥聯(lián)合更低的劑量,從而可能降低由高劑量帶來(lái)的非靶點(diǎn)相關(guān)毒性。


圖片7.png

圖7. A為傳統(tǒng)siRNA核酸藥物,B為雙靶點(diǎn)核酸藥物


3.2 LC-MS/MS生物分析要點(diǎn)


雙靶點(diǎn)siRNA分子量大、結(jié)構(gòu)復(fù)雜,且常需同時(shí)測(cè)定多個(gè)組分(總長(zhǎng)鏈SS/AS、各單鏈AS1/SS1、AS2/SS2及代謝產(chǎn)物),對(duì)分析方法的分離度要求高[3]。在色譜柱與流動(dòng)相的選擇上,必須重點(diǎn)考慮相近組分的干擾,確保基線分離。總鏈為兩個(gè)單個(gè)的AS或SS通過(guò)特定的鍵連接,分子量較大,需要關(guān)注多電荷對(duì)檢測(cè)靈敏度的影響,以及長(zhǎng)鏈對(duì)色譜保留的影響。


圖片8.png

圖8. 雙靶點(diǎn)核酸藥物典型圖譜


3.3 雙靶點(diǎn)核酸藥物的PK研究


雙靶點(diǎn)核酸藥物在體內(nèi)需要關(guān)注雙載體共遞送呈現(xiàn)出與單靶點(diǎn)核酸藥物不同的獨(dú)特的分布與暴露特征,同時(shí)關(guān)注多分析物的分析檢測(cè)。


大鼠單劑量皮下注射給予雙靶點(diǎn)小核酸C1(為C2和C3偶聯(lián)形成)和單靶點(diǎn)小核酸(C2和C3)聯(lián)合給藥后進(jìn)行組織分布研究,分別檢測(cè)AS1(C2小核酸反義鏈)和AS2(C3小核酸反義鏈),比較兩種方式的組織暴露量,雙靶點(diǎn)小核酸 基本達(dá)到1+1大于或等于2的效果。


圖片9.png

圖9. 雙靶點(diǎn)siRNA大鼠皮下注射后肝、腎組織中藥物濃度比較(左為正常圖、右為半對(duì)數(shù)圖)


4

結(jié)語(yǔ):LC-MS/MS分析,助力核酸藥物走得更遠(yuǎn)


從AOC到長(zhǎng)鏈脂肪酸修飾,再到雙靶點(diǎn)siRNA,小核酸藥物的結(jié)構(gòu)創(chuàng)新不斷突破傳統(tǒng)邊界,而LC-MS/MS作為高特異性、高靈敏度的定量平臺(tái),正以其強(qiáng)大的方法學(xué)靈活性應(yīng)對(duì)這些挑戰(zhàn)。有濟(jì)醫(yī)藥LC-MS/MS生物分析平臺(tái)配備了AB Sciex 7500,AB Sciex 6500+, Thermo TQS等先進(jìn)的設(shè)備,完成了多項(xiàng)新型核酸藥物方法的開(kāi)發(fā)及應(yīng)用,以專業(yè)的技術(shù)實(shí)力、成熟的服務(wù)體系,助力新型核酸藥物的研發(fā)。


參考文獻(xiàn)

[1] Haas, B. J., et al. Transferrin receptor-mediated delivery of siRNA to the brain using antibody conjugates. Science Translational Medicine 14, eabn1234 (2022).

[2] Jiang, Y., etal. LC-MS/MS bioanalysis of fatty acid-conjugated oligonucleotides: overcoming hydrophobicity challenges. Journal of Pharmaceutical and Biomedical 

Analysis, 2025, 235, 116589.

[3] Liu, J., et al. Simultaneous quantification of multi-component siRNA therapeutics 

by IP-RP-LC-MS/MS. Analytical Chemistry, 2024, 96(15), 5921-5929.

[4] Jackson, S. R., et al. Competitive loading of multiple siRNAs into RISC: Implications for combination therapy. RNA 28(4), 567-578 (2022).

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